De pomp maakt deel uit van het filtersysteem. De pomp zuigt het water in het filter, waar het wordt gereinigd met behulp van filtermedia en de bacteriën die erop neerslaan. Nadat het water door alle filtermaterialen is gegaan, stroomt het via de uitlaat weer terug in de bak. Een intern filter omvat een aquariumpomp, een kop met aanzuigopening, een behuizing en schuimstofpatronen of ander filtermateriaal. Terwijl het interne filter het water in het aquarium reinigt, pompt de pomp op het externe filter het water via een zuigleiding in het filter en voert het na reiniging via een uitlaat terug in de bak. De meeste pompen zijn individueel in te stellen wat de stromingsrichting en afgiftesnelheid van het water betreft, zodat je deze criteria optimaal kunt aanpassen aan de behoeften van de aquariumbewoners. Houd er bij het gebruik van een binnenfilter rekening mee dat het filter ruimte in de bak inneemt en daardoor het watervolume vermindert. Buitenfilters worden normaal gesproken gebruikt in aquaria met een inhoud van 100 liter of meer; ze hebben meerdere filterkamers die je kunt uitrusten met verschillende filtermedia. Naast het reinigen van het water heeft de aquariumpomp nog een ander positief effect: Door de watercirculatie komt er meer zuurstof in het aquarium. Veel waterbewoners vinden het prettig wanneer het water stroomt. Er zijn speciale stromingspompen die het water sterker verplaatsen.
